為推動上述業務，本署於署長、２位副署長、主任秘書下設置綜合規劃、訓練發展、就業服務、身心障礙者及特定對象就業、職能標準及技能檢定、跨國勞動力管理等六組，並設有跨國勞動力事務中心及勞動力發展創新中心２派出單位，及有秘書室、人事室、政風室、主計室、資訊室及法務室等６個幕僚單位；轄下所含５分署（機關）及１中心（機構），包括：北基宜花金馬分署、桃竹苗分署、中彰投分署、雲嘉南分署、高屏澎東分署及技能檢定中心。各單位業務內容說明如下：
一、綜合規劃組：辦理就業安全政策規劃、委託研究及業務績效考評、推動國際交流及合作事務、就業安定基金之管理及運用、業務行銷及新聞發布等業務。
二、訓練發展組：配合國家重點發展產業及市場人力需求，辦理失業者職前訓練、青年職業訓練及在職者職業訓練。主要業務包括職業訓練制度之研擬與推動、職業訓練資源之運用及督導、職業訓練機構之設立及管理等。
三、就業服務組：建構完善之就業服務網絡，協助⺠眾適性就業。主要業務包括就業市場資訊蒐集及分析、就業服務政策之研擬及規劃、求職求才、就業諮詢與職業心理測驗、職涯發展與青年促進就業、公立就業服務據點之設立與管理、就業保險失業認定及促進就業措施與資遣通報之推動、就業通路之規劃、推動及管理等。
四、身心障礙者及特定對象就業組：運用各項就業促進措施、開拓就業機會，協助特定對象及弱勢者就業。主要業務包括身心障礙者及特定對象就業政策與制度及計畫、身心障礙者定額進用、身心障礙者就業轉銜與職業重建服務及專業人員制度等事項之規劃及推動；中高齡者及高齡者就業促進法及相關法規之訂定及推動等。
五、職能標準及技能檢定組：開發重點產業關鍵人才職能基準，推動職能基準及技能檢定等相關制度，以提升我國人才培育效能。主要業務涵括職能基準之建立與職能導向課程品質之認證、人才發展品質管理系統之規劃與訂定，技能職類測驗能力認證制度之研擬及規劃，技能檢定業務及技術士證管理制度之規劃與推動，技能競賽政策研擬與國際技能合作及交流規劃等。
六、跨國勞動力管理組：因應社會發展需要及兼顧本國勞工就業權益，保障移工工作權益，並適時檢討跨國勞動力開放及聘僱管理政策。主要業務包括跨國勞動力制度之研擬及規劃、勞動力來源國之協調聯繫、外國人入國工作動態管理之聯繫、外國人申訴及諮詢、私立就業服務機構之設立許可、評鑑及管理事項等。
七、跨國勞動力事務中心：配合跨國勞動力政策之調整，推動各項重點工作，主要業務為辦理雇主申請聘僱外國人工作許可審核業務、直接聘僱申辦服務，就業安定費與收容費收催繳等，簡化外國人聘僱許可流程，逐年擴大聘僱許可線上申辦服務範圍。
八、勞動力發展創新中心：配合政策及社會經濟環境變遷需要，持續辦理社會創新、創客基地網絡推動計畫、微型創業貸款及諮詢輔導計畫、數位學習服務等業務，並運用多元就業開發方案及培力就業計畫等工具，結合創業貸款資源，協助社會企業及社會創新組織育成，培育相關人才並創造就業機會。
