中央流行疫情指揮中心宣布自2月10日0時0分起經中港澳轉機入境旅客，需居家檢疫14天。勞動部表示，經中港澳轉機入境移工應依規定辦理居家檢疫，且移工不能外出或工作，也禁止搭乘大眾交通工具前往檢疫地點或就醫。統計自2月10日共計有16名經港澳轉機入境移工，這些移工已依防疫規定進行居家檢疫，為免轉機須居家檢疫造成不便，勞動部建議雇主安排移工直航或由其他地點轉機入境臺灣。
依就業服務法規定移工入國後3天內應辦理健康檢查，因轉機移工須居家檢疫14天，實務上已無法如期辦理健康檢查，經中央流行疫情指揮中心2月10日晚間決議，中港澳轉機入境的移工，得於完成居家檢疫14天的次日起3個工作天內，依規定辦理入國健康檢查。檢疫期間，如有發燒、咳嗽等症狀或其他任何身體不適，請佩戴外科口罩，雇主或委任的仲介可協助移工主動與當地衛生局聯繫，或撥1922、1955專線，並依指示儘速就醫。
移工若未配合居家檢疫，將違反傳染病防治法規定，可處新臺幣1萬元至15萬元罰鍰；另雇主或委任的仲介未善盡生活照顧管理責任，將依違反就業服務法第57條第9款規定，處6萬元至30萬元罰鍰，並依就業服務法第72條規定廢止許可，及管制2年不得再申請移工。